对于水系统中的微生物控制，围绕着注射用水制备系统、贮存单元和配水系统的消毒灭菌，将微生物的数量控制在生产工艺所要求的标准内。显然，消毒灭菌措施的采用与循环措施对注射用水系统内微生物控制组成了双保险，消毒灭菌的控制则是使微生物处于不断地被杀死乃至全部被杀死的状态（在线纯蒸汽或过热灭菌）；循环是在连续运行状态下进行巴氏消毒法，使系统始终处于消毒状态。