袋装食品微波杀菌机中的微波凭借的穿透力，能够穿透包装和包装内的食品、药品进行干燥杀菌，而包装材料如PET塑料、玻璃、纸张、陶瓷等，因其不吸收微波，所以不会发热，这样产品更卫生，避免二次污染。
不过需要注意的是，由于金属、铝箔可以反射微波而不被穿透，所以包装材料不能采用金属材料或者含有金属成分(如贴有铝箔的塑料薄膜)。

   其次，用袋装食品微波杀菌机处理袋装或瓶装药、食品时，因包装内的食品、药品会发热，造成气压升高，如果密封且气压过大，气压可能会冲破包装。解决的方法有：
   1、先用微波杀菌然后迅速密封或加盖。
   2、密封后放置要压力容器内再用微波杀菌。
   3、真空包装后再用微波杀菌。

   袋装食品微波杀菌机可广泛用于各种熟食品(鱼、肉、豆制品、酱菜等)和饮料。近年来鱼片干的市场需求不断增长，部分产品还远销国外，但长期以来均因缺乏有效杀菌手段而出现产品霉变现象，采用微波杀菌机不仅具有加热干燥功能而且有杀菌灭酶效果，现已广泛应用于鱼片烘干和熟化烘烤，节能效果50%以上，鱼片酥软可口。