蛋白质分析和鉴定方法常用的就是ELISA和Western Blot（以下简称WB）。
ELISA和WB都是基于抗原-抗体特异性结合的原理，主要区别在于：
ELISA对于抗原、抗体都能检测。
WB则主要检测抗原。
此外，了解这两种方法的优缺点，即可轻而易举地解决如何选择的问题。
一、ELISA:
灵敏度高、应用领域广泛，检测样本浓度可低至pg/ml，操作相对简单，用于确定样品中是否存在蛋白质的高效方法，亦可精确定量蛋白质的浓度。
ELISA 具有包被、封闭、检测、 结果读取4个常规操作步骤，有直接、间接、夹心及竞争检测4种主要类型。
ELISA的优缺点：
优点：适合体液(血清、尿液等)、细胞上清样本；灵敏度高，操作简单、高效、快速（1-2h），需样品量较少，可以同时进行多个样本分析。另外，也可灵活地DIY 检测试剂盒，即可降低成本，又解决了实验需求；同时ELISA可搭配实验室高通量或自动化设备，实现自动化操作。
缺点：实验操作过程中，由于操作问题、样品污染、使用低质量试剂等原因，其特异性方面经常受到影响，可能会产生假阳性或假阴性结果；此外试剂盒中的抗体组分须低温运输、储存；ELISA无法提供有关目标蛋白的质量和丰度等其他信息。
二、Western Blot：
是一种通过电泳、转膜、抗体孵育、成像等步骤对目标蛋白进行检测的方法，操作流程相对复杂，用于识别和了解蛋白质的一些特征元素、蛋白质相互作用和修饰等，可提供目标蛋白的详细信息，如蛋白质大小和丰度等，也常被用于ELISA和其他检测方法结果的验证，它可以有效地帮助排除假阳性或假阴性的结果。
Western Blot的优缺点：
优点：适用于组织或细胞裂解液样本；检测结果简单易懂；特异性高，能够从多种蛋白质中识别目标蛋白；可提供目标蛋白的分子量、表达丰度等信息；荧光Western Blot，可以在一个实验中进行多重检测，检测多种蛋白质。
缺点：传统操作步骤繁琐、耗时（1到2天），体系如果没有优化，容易出现信号衰减快、高背景等情况，导致不理想的检测结果；同时检测靶蛋白的数量受限于一抗和二抗的组合；通常被用作验证方法。
三、ELISA or Western Blot怎么选？
若实验目的是需要简单、快速地确定蛋白质是否存在，并需要得到精确浓度，ELISA是更好的选择。
若实验目的是需要得到更多关于蛋白质的信息，比如分子量、纯度、蛋白质间相互作用、蛋白质表达变化或翻译后修饰等，则Western Blot更适合。
此外，Western Blot和ELISA检测的结果也可相互印证。
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