冷冻干燥机广泛用在医学、制药、生物研究、化工和食品等领域。经冷冻干燥处理的物品易于长期保存，加水后能恢复到冻干前状态并保持原有生化特性。
冷冻干燥机的清理工作对风冷冷凝器的制冷系统需要定期清洁散热片以去除灰尘和污垢。可使用带有喷嘴刷的，注意不要损坏或弯曲散热片。内腔和搁板表面必须保持清洁。每次运行后须对其进行清洁，确保清除溢出的产品、瓶塞和碎玻璃。对热电偶导线和插孔应格外小心。预防性维护计划有助于确保所有定期维护项目都按照建议的时间表进行，这将有助于保持冷冻干燥机的高性能运行。
在每个循环开始前确认设备清洁是一个很好的练习，特别是当实验室环境中有许多用户时，不锈钢表面可以用大部分酒精安全地清洗，但是在透明的丙烯酸门周围应该小心，因为一些清洗溶剂会腐蚀和开裂这种门。在产品中使用有机溶剂的情况下，在循环后必须格外小心，以防止熔化的冷凝物停留在冷凝器门上。
采取适当措施清除冷凝水。如果在该过程中酸被冻干，则需要通过向腔室中喷酒PH缓冲液来进行中和步骤。
