微波杀菌设备杀菌的温度场与电磁场相比较，电磁场是细菌致死的主要因素，特别是在较低温度时是既能杀菌又能保持食品风味和品质的有效途径。一般而言，电磁场杀菌是指104~1011Hz频率段的电磁波。电磁场在杀菌过程中表现出来的“非热因素成为细菌致死的主导因素“打破了常规加热杀菌的格局，细菌欲生存而需抗争的对象称为“电磁力”。细胞是基本的生命单元，当电磁场达到一定值（E＞E0，H＞H0）时，细胞膜就会发生不可修复的破裂，我们把这种现象称为电穿孔。同时，由于电磁场的不断变化，在短的时间内，电磁波的频率、电磁场的强度都会发生较大的变化，在细胞膜上产生振荡效应。不可逆的电穿孔和激烈的振荡效应能使细胞破裂，这种破裂导致细胞结构紊乱，从而达到杀菌的目的
应用微波杀菌设备来处理食品具有以下特点：杀菌时间短、速度快.低温杀菌可保持食物的营养成份不流失.且杀菌均匀*，节约能源,可实现自动化生产：微波设备操作简便，没有热惯性，能根据生产工艺要求即开即用，实时调控。整条生产线只需1~2名操作工。微波杀菌设备不需要锅炉、复杂的管道系统，只需水、电基本条件即可，对厂房无特殊要求。
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