医院的水源绝大部分均来自于市政自来水，因此原水的指标均应符合《生活饮用水卫生标准》。但是医院很多专业科室均需要纯化水设备对原水进行水质处理才能达到实际使用的要求，由于水质指标要求的差异性，从而决定了医用净水系统“集中制水、分质供水”的系统特性。医用纯化水按水质指标差异主要分如下几种：
(一)血液透析用水
原水经净水系统处理后滤除固形颗粒、细菌、病毒、内毒素、有害离子，供血透机用水和透析液配制用水，终端水质指标达到血液透析和相关治疗用水标准万方数据(YY0572-2005)。使用科室主要为：血透中心、ICU等。
(二)器械清洗消毒用水
原水经净水系统处理后滤除固形颗粒、细菌、病毒、有害离子，终端水质指标达到《医院消毒供应中心第 1部分：管理规范》(WS310.1-2009)和《医院消毒供应中心第 2部分：清洗消毒及灭菌技术操作规范》( WS310.1-2009)的相关要求，由于这两个规范对器械清洗用水的指标要求为建议性的框架要求，因此比对国外消毒供应中心的用水要求和主流大型自动清洗机的进水水质指标要求，建议采用欧盟 EN 285标准。使用科室主要为：中心供应室、手术部供应室、手术部洗消间、内镜清洗室、DSA导管清洗间、口腔科等。
(三)消毒供应中心的用水
清洗用水的指标要求为建议性的框架要求，因此比对国外消毒供应中心的用水要求和主流大型自动清洗机的进水水质指标要求，建议采用欧盟 EN 285标准。使用科室主要为：中心供应室、手术部供应室、手术部洗消间、内镜清洗室、DSA导管清洗间、口腔科等。
(四)中心供应室用水
原水经净水系统处理后滤除固形颗粒、细菌、病毒、有害离子，终端水质指标达到《医院消毒供应中心第 2部分：清洗消毒及灭菌技术操作规范》(WS310.1-2009)附录D 表 D.1的指标要求。使用科室主要为：中心供应室。
(五)生化检验用水
原水经净水系统处理后几乎滤除全部杂质和离子，终端水质指标达到《中国国家实验室分析用水标准》(GB/T6682-2008)中一级水指标和 2005版药典纯化水指标。使用科室主要为：生化检验科、病理科、药物配置中心等。
(六)手术刷手用水
原水经净水系统处理后滤除固形颗粒、细菌、病毒，终端水质指标、离子指标与原水基本一致，固形颗粒和细菌的滤除率>99%，因此又被称为无菌冲洗水。以上 5种水基本上涵盖了一个综合性医院的常用净水种类，其他类型的特殊用水可以根据具体的要求在以上 5种水的基础上对净水工艺进行微调就可以实现。
