1、制造商的选择。
选有实力的冷冻干燥机厂家，且有着多年的生产冷冻干燥机的经验和技术特点优势、支持非标定做、解决方案。
2、冷阱温度。
冷阱是置于冻干腔和真空泵之间，用于捕集蒸汽的装置。冷阱温度越低，冷阱的捕获能力越强，但冷阱温度低，对制冷要求高，机器成本及运转费用相对也高。
冷冻干燥机的冷阱温度主要有-50℃、-80℃两个档次。冷阱温度为-50℃的冷冻干燥机适用于水溶剂或者溶剂凝固点在-40℃以上的产品冻干，冷阱温度对捕水能力的影响实验表明冷阱温度从-35℃下降到-50℃，捕水能力提升明显，冷阱温度低于-50℃，冷阱的捕水能力提升不明显。因此，在没有特殊需求的情况下，选用冷阱温度-50℃即可。冷阱温度为-80℃左右的冷冻干燥机适用于大部分产品如含有有机溶剂的产品冻干或者一些特殊产品的冻干。
3、凝冰量。
冷阱可以捕获蒸汽的量，和实验室每天实验操作样品中水或其它溶剂升华的总量有关。实验室冷冻干燥机的冷阱凝冰量有3kg等规格合各种不同的实验量要求。
4、限真空度
限真空度体现冷冻干燥机的泄漏情况及真空泵的抽气效率。实验操作的真空度应在一个合理的范围之内，真空度太高，不利于传热，干燥速度反而下降。
5、控制显示系统
实验室系列的冷冻干燥机，主要应用于物料的冻干、小批量生产和冻干工艺条件试验等。控制系统要具备实时显示冻干过程参数，如冷阱温度、真空度、阶段时间和过程总时间等;设定、修改及有效地执行冻干工艺程序具备通讯接口，便于数据采集、保存。
6、冻干方式和功能。
根据具体的样品，冻干的方式亦有不同选择。常见的实验室冻干实验均采取的是Process B方式，即在冻干腔内冻干或者挂瓶冻干，如果是冻干腔冻干即需要选购冻干腔，需要做西林瓶冻干还要选择压盖装置;如果是挂瓶冻干，则要选择多歧管，适用于圆底烧瓶，宽口滤瓶或安瓿瓶，但要注意是否需要选择相应的适配器来结合使用;如果用户试验中涉及的样品既有腔内冻干，也有外挂瓶冻干的则可以选择带外挂口的冻干腔。
不同的实验、不同的样品对冷冻干燥机的功能要求不同，一般而言，对于食品、中草药、粉末材料等样品冻干一般建议采用搁板型冷冻干燥机;而对于西林瓶操作则必须要选择带压盖装置的冷冻干燥机;微生物菌种冻干保存建议采用挂瓶式并一定要选择安瓿瓶适配器来冻干;如果要做冻干工艺曲线研究的则一定要选择控制器可支持共晶点测试装置和软件等工作的机型。
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