无菌隔离器从根本上避免了操作者与物品的直接接触，因此在无菌检验时可以避免被检样品和辅助设施被污染。当隔离器处于封闭状态时，内部为无菌的环境，仅仅能够下隔离器内部或者通过一个特殊的快速传递仓来传递物品。
无菌隔离器的操作方法如下：
1、装载
首先准备好所有需要放入无菌隔离器中的供试品、培养基、缓冲液、过滤罐以及相应的工具。按照经过验证的装载方式放入隔离器中。一般过滤罐会悬挂在隔离器上方的挂钩上，供试品、培养基和缓冲液会放置在有间隙的层架上，物料之间不能紧贴在一起，避免灭菌死角。
装载后关闭隔离器门，并且检查隔离器门是否关好，通隔离器是否显示报警。过目测或者使用手套检漏仪对隔离器的手套完整性进行检查。
2、灭菌
按照经过验证的灭菌参数，运行无菌隔离器的灭菌循环。根据舱体大小、装载情况以及房间环境，灭菌周期时间在1.5~2.5小时。循环结束后检查过氧化氢在箱体的残留浓度，或者读取在线过氧化氢低浓度探头的读数。
3、整理物料
将灭菌后的无菌隔离器中的物料按照操作习惯进行重新调整。以便于戴上隔离器手套后能够拿到所需的物品。
4、环境检测
无菌隔离器的使用过程中需要对环境进行监测，一般隔离器内部集成有在线的粒子计数器，以及浮游菌采样装置。另外在隔离器的操作平面上要放置沉降菌的培养皿。在手套手指、手掌、仪器、包装等表面进行表面微生物取样，待测试完成后传递出进行培养。
5、据药典方法进行无菌检查
测试完成后，建议再对手套的手指、手掌部分的表面进行微生物取样。
6、转移培养罐和清场
对于每天一次的测试，可以直接打开隔离器门，取出培养罐。如果是连续式的排班，则可以通过传递窗或者其他无菌转移方式将培养罐传递出来。对于使用完的供试品包装、培养基和缓冲液的包装等可以打开隔离器门或者从传递窗转移出来。
7、隔离器的清洁
无菌隔离器在使用后需要进行清洁，一般使用酒精或者异丙醇等对隔离器内部进行擦拭。擦拭的原则是从上到下，从后到前的顺序。在擦拭时如果隔离器体积较大，可以使用的清洁工具对隔离器内部进行清洁。
8、连续使用隔离器
对于连续批次的无菌检查，无菌隔离器的主箱体门不开启，通过传递箱或者另一个箱体将灭过菌的物料传递至主箱体中。在这种应用时，更应该加强对隔离器内部微生物的检测。确定主箱体灭菌的低频率。
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