在水处理中，水层厚度和处理时间及杀菌灯管工作温度都会对紫外线消毒器杀菌造成影响。
1、水层厚度对紫外线消毒器杀菌的影响：
紫外线穿透水层的深度与水质有很大关系。实际应用时，通常认为波长为200~390nm的紫外线所照射水层的有效作用深度为12cm。超薄的水层对紫外线的衰减越少，杀菌效率也越高；但对于一定流量的水流而言，薄的水层意味着流速提高和处理时间缩短。为此必须加大辐射剂量，或者是加长辐射处理时间，两者都会增大设备的造价和电耗。常用的水层厚度一般小于2cm，通常实践中设计的很大水层厚度不超过6~12cm（据测定30W的紫外线灯管对1cm的水层的灭菌效率为90%，而对4cm水层则只有40%左右）。
2、处理时间对紫外线消毒器杀菌的影响：
一般接触时间为10~100s，通常情况下不低于30%。
3、工作温度对紫外线消毒器杀菌的影响：
紫外线消毒器的低压灯管*工作温度是41°C左右。中高压灯管工作时的发热量较大，水温不会明显影响其工作性能。此外在系统初运行时，通常消毒器消毒器的进水温度和环境温度应在5°C以上，否则会造成灯管点火启动困难。