分子蒸馏作为一种特殊的液体分离技术，不同于传统蒸馏沸点差的分离原理，它靠不同物质分子运动平均自由程的差别实现分离。即当液体混合物沿加热板流动并被加热，分子会逸出液面而进入气相，由于不同分子的自由程不同，因此不同物质的分子从液面逸出后移动距离不同，轻分子达到冷凝板排出，而重分子沿混合液排出。这样就达到了物质分离的目的。
 　　分子蒸馏仪原理：
 　　分子蒸馏是一种在高真空下操作的蒸馏方法，由于蒸气分子的平均自由程大于蒸发表面与冷凝表面间的距离，因此可利用各组分蒸发速率的差异对液体混合物进行分离。
 　　分子蒸馏操作注意事项：
 　　1、分子蒸馏装置需要严格控制各效分离器的液面，使其处于使用要求的位置。
 　　2、在分子蒸馏装置容易析出结晶的物料时，易发生管路、板式蒸发器、阀门等的堵塞现象，需用真空抽位或者定期用水冲洗保持畅通。
 　　3、经常调校分子蒸馏装置仪表使其灵敏可靠。若发现仪表失灵，要及时处理。
 　　4、分子蒸馏装置需要经常对设备、管路进行严格检查，是视镜玻璃要适时更换，以防因腐蚀造成事故。
 　　5、检修设备前要泄压泄料，并用水冲洗降温，去除设备内残存的腐蚀性液体。
 　　6、操作人员应穿戴好防护衣物，避免高温液体及蒸汽造成人身伤害。