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己二胺环糊精相对于乙二胺环糊精由于连接碳链更长，在特定条件下己二胺环糊精的伯胺基团具有比乙二胺环糊精伯胺更小的空间位阻和更大的空间自由度，更容易和具有较大位阻的羧酸、酯、酐、醛、酮、卤代烷等在温和条件下实现键链。
同时通过己二胺键链的新结构基团，由于是通过更长的柔性碳链连接环糊精空腔，所以以己二胺环糊精为基础的新合成结构的自组装行为将更为多样和有趣。
6碳柔性疏水链在水体系中，有可能被包合入空腔。随着伯胺、仲胺质子化程度不同，其自包合程度会有不同，所以己二胺基环糊精是个很好的pH相应超分子识别主体。
