傅里叶变换近红外光谱仪具有高度特征性，除光学异体外，每种代合物都有自己的红外吸收光谱。因此红外光谱法特别适用于鉴定有机化合物、高聚物以及其他复杂结构的自然及人工合成物。在生物化学中还应用于快速鉴定细菌，甚至于可以对细胞和其它流行性组织结构进行研究。它克服了色散型光谱仪分辨能力低、光能量输出小、光谱范围窄、测量时间长等缺点。它不仅可以测量各种气体、固体、液体样品的吸收、反射光谱等，而且可用于短时间化学反应测量，红外光谱仪在电子、化工、医学等领域均有着广泛的应用。

 

    补偿器的作用是使两束光在到达探测器时，各自都分别以相同的次数通过光学材料制成，当两束光到达d时，其光程差将随可移动反射镜的往复运动而周期性变化。基于光的相干原理，在探测器d处得到的是一个强度变化为余弦形式的信号。傅里叶变换近红外光谱仪在连续改变光程差的同时，记录下中央干涉条纹的光强变化，就得到千涉图，作出此干涉图函数的傅里叶余弦变换，就得到了光谱。分辩能力主要取决于反射镜的大移动行程l和移动质量，移动行程越大，分辨能力就越高，一般可移动距离在几十厘米左右， 也有长达二米的。这样傅里叶变换近红外光谱仪可以做到很高的分辨率。而光栅型光谱仪，光栅的刻痕密度受到色散的要求不可能过密，若要达到光谱仪同等的分辨率，光栅的尺寸将要长达米数量级，这给设备和小型化都带来很大的不便。