倒置荧光显微镜，是指与一般显微镜相比，其物镜、聚光镜和光源的位置都颠倒过来，由荧光附件与显微镜有机结合构成的显微镜。激发光从物镜向上落射到标本表面，被反射到物镜中并聚集在样品上，样品所产生的荧光以及由物镜透镜表面、盖玻片表面反射的激发光同时进入物镜，经双色束分离器使激发光和荧光分开而成像。物镜和聚光镜的工作距离很长，能直接对培养皿中的被检物体进行显微观察和研究。适用于土壤微生物培养实验，具有在培养瓶或培养皿内进行显微观察的特点，可以观察不经染色的透明活体。特别适用于对活体细胞和细胞离体培养等显微观察。

倒置荧光显微镜由荧光附件与倒置显微镜有机结合构成的，主要用于细胞等活体组织的荧光、相差观察。 倒置显微镜是为了适应生物学、医学等领域中的组织培养、细胞离体培养、浮游生物、环境保护、食品检验等显微观察。由于这些活体被检物体均放置在培养皿（或培养瓶）中，这样就要求倒置显微镜的物镜和聚光镜的工作距离很长，能直接对培养皿中的被检物体进行显微观察和研究。因此，物镜、聚光镜和光源的位置都颠倒过来，故称为"倒置显微镜"。倒置显微镜多用于无色透明的活体观察，在倒置显微镜的基础上添加一套荧光附件：激光激发块，荧光光源，荧光照明器，激发块切换装置，即可进行倒置荧光观察。