制药生产过程中产生的废水，污染物浓度高、水量大、组分复杂，废水中含有大量难生化降解的化学合成物质和残留药物成分以及药物降解中间产物，碳/氮比例不协调，废水高含氮源并含有大量硫酸盐以及其他一些盐类物质等，废水生化抑制因素复杂，可生化降解性很差。再加上我国医药产业集中度低，企业数量多、规模小、结构布局不合理，不同的企业产品种类及生产过程不同，适用的处理工艺也不相同。因此，相对于其他行业，制药行业无论是废水污染治理的技术难度，还是治理需要的资金投入都很大。
另外，我国制药企业的新药研发能力与发达国家制药企业相比还存在较大差距，企业缺少具有自主知识产权的高技术含量、高附加值的新产品，多数制药企业产品为利润低、污染重的仿制药品或传统低端产品，同品种生产企业数量众多，产能过剩，其产业结构导致污染治理费用在产品制造成本中占有较高的比重。
虽然我国制药工业废水处理研究起步于上世纪70年代，这些年来，医药行业通过与高校、科研院所合作，不断探索、创新，逐步建立起一套适于我国医药产业结构特点的制药废水处理工艺技术体系，目前制药废水处理工艺技术水平与发达国家相比没有太大差距，但在某些专有设备及材料技术性能水平上还有一定的距离。
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