微波灭菌机微波干燥原理：微波的电磁场能使物料中的极性分子随着微波的震荡频率而相互摩擦，从而产生大量热量，加速水分的蒸发。
微波杀菌机理：微波作用能改变生物性排列聚合状态及其运动规律，而且微波场感应的离子流，会影响细胞膜附近的电荷分布，导致膜的屏障作用受到损伤，影响Na-K泵的功能，产生膜功能障碍，从而干扰或破坏细胞的正常新陈代谢功能，导致细菌生长抑制，停止或死亡，从而产生杀菌效果。另外，细胞中的核糖核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA）在微波场力作用下可导致氢键有松弛、断裂或重组，诱发基因突变或染色体畸变，从而影响其生物活性的改变、延缓或中断细胞的稳定遗传和增殖，这也是微波杀菌的另一原因。

微波灭菌机微波杀菌、保鲜是微波热效应共同作用结果。微波的热效应主要起快速升温杀菌作用；而非热效应则使微生物体蛋白质和生亘活性物质变异，从而丧失活力或死亡。
 
因此微波杀菌温度低于常规方法，一般情况下，常规方法杀菌温度要求在100摄氏度以上，时间十几分钟至几十分钟，而微波杀菌温度仅85摄氏度，时间为几分钟，几乎能满足各种物料的杀菌需要。