在低温泵系统中，有时为了减少表面出气，需要对工作室壁用液氮冷却。但此时，在解释电离规读数时就应注意。即使室壁不冷却，规在低温系统内的位置很重要，特别是否直接对着泵。由于电离规测量的是气体密度而不是压强，若规内气体温度为T1，而系统内温度为T2，则电离规压强读数是Pi=P(T1/T2)1/2，这里P是系统内的压力。

烘烤低温泵真空系统时应特别注意，由于低温泵怕热辐射，当系统烘烤到450℃时，可能导致泵的温度升高到超过工作范围，此时可以在泵和系统之间插入水冷挡板作为热辐射屏蔽，但这会严重地减小抽速。可以把挡板制成烘烤时旋转到屏蔽位置，结束后旋转回去的类似于蝶阀的结构。档板在屏蔽位置时，系统的抽速减小了75%。

在抽气系统操作时，系统的操作者应确保在工作过程中低温泵的热载荷不超过额定指标，尤其应特别注意泵*级吸附板上的热载荷大小。为了确保低温泵的热载荷不超过指标(尤其是*级上的热负载)，应采用某种形式的障板来减少射到*级上的辐射用量。除了真空室壁附近300K的辐射外，*级还接受来自诸如镀膜室、加热灯丝或溅射放电等热辐射源。在许多过程中热载荷可高达100到150W，此时就容易超过功率为35到40W的膨胀机的容量。因而需要加某种形式的障板来减少射到*级上的辐射通量。简单的办法是用反射的非冷却障板。如果还不够的话，则需要采用带冷却的人字形障板。这种障板可以用水冷却也可以用液氮来冷却。

低温泵在连续运转中，尤其是在吸附剂被氦饱和时，应特别注意防止瞬时断电，因为即使是短时间停电，氦气也会从吸附剂中释放出来，而且会把真空器壁上的大量热量传到抽气表面上去。这时即使系统已经粗抽到20Pa也解决不了问题，因为那也不足以阻止连续的热传导现象发生。