超微粉碎技术在中药领域的应用，已经体现出了一定的优势，随着该技术的进一步发展，必将给中药现代化带来新的活力。但是，超微粉碎技术在中药领域的应用和时间不长，所以不可避免的出现了一些问题，具体如下：

　　（1）必须根据药材性质和临床需要来选择重要的粉碎方法，从药材本身的性质来看有些适合超微粉碎，有些则不适合。

　　（2）中药经超微粉碎后，由于粒径的减小容易导致表面能增加，使颗粒处于不稳定状态；流动性差，易聚集形成假大颗粒；可湿性增加，易吸潮；吸附性增加，易吸附空气中的杂质，这些都不利于微粉中药的制剂、保存、运输。

　　（3）超微粉碎在发挥单一药材药效方面有很大的优势，解决了一些煎煮的麻烦和有效成分在煎煮过程中受热分解或水解而被破坏的问题。

　　（4）超微粉碎技术是涉及多学科的高新粉碎技术，它应用于中药领域，也还存在着不少工艺、质控等方面的问题。

　　导致温度过高, 粉碎过程中有部分机械能转变为热能.造成某些物料的损失,或有的受热而分解,或有的变枯、变软,影响粉碎的正常运行,粉碎过程必须采取适当的降温措施。一般情况下,粉碎机械的效率很低,其余的能量消耗在:未粉碎粒子的弹性变形;物料在粉碎室内的迁移;粒子间的摩擦;粒子与粉碎机械间的摩擦;生热;振动与噪音;电机与传动装置的损耗等。粉碎引起表面能的增加,由于表面自由能会趋向降低,已粉碎的粉末有重新结聚的倾向,故不稳定。重新结块在粉碎过程中和粉碎后都会存在,粉碎过程中的危害主要是使效率过低,温度升高;粉碎之后的危害主要是成品在使用时浸出率的降低。中药的质量控制是药品生产和安全使用的保证。