冻干箱和冷凝器均采用纯蒸汽直接进汽方式消毒，根据压力容器标准设计、制造。冷凝蒸汽的质量应符合注射用水（WFI）的标准。在冻干机进行蒸汽消毒时需要做一些特殊要求：
　　（1）为避免任何误操作，采用全自动的消毒过程。
　　（2）在连接到冷凝器的蒸汽管线上装有进汽阀和压力表
　　（3）在消毒过程结束后，水环泵用来抽去水汽及干燥冷却冻干箱和冷凝器。在除霜结束后也可
　　　　 以使用该泵。
　　（4）门的自动锁紧装置能够安全的承受干燥箱内的蒸汽所产生的正压。
　　（5）整个消毒过程是*自动进行，由PLC控制并由软件监控。
　　（6）一套压力传感器对系统进行监控，系统压力过高报警系统将会报警。
　　（7）冷凝器与均配有安全阀、温度控制和检测设备。
　　（8）蒸汽消毒后的降温在两小时内完成系统冷却。