液压系统是油泵站、油缸和液压件（采用日本YUKEN油研液压）组合而成，油泵站产生两组独立的液压油路，可被控制的压力油源一路推动冻干箱顶部油缸，使板层在冻干箱内上下升降，以方便进出箱体及清洗工作，同时在冻干结束的制品出箱前进行压塞。另一路则提供给蘑菇阀，通过液压活塞杆的工作，使蘑菇阀做开启和关闭，使用液压作为动力的蘑菇阀在开启和关闭时都相当平稳可靠并且能够使前箱与后箱密封隔离。油缸活塞杆下部的密封件使用O型硅橡胶密封，保证不会因漏油而污染制品。活塞采用YX聚胺脂密封圈。通过电磁换向阀和液压平衡阀准确发讯，不溜车，无震动。 液压站的控制开关安放在无菌室，操作者可以直接在无菌室内操作液压泵站，同时也可以在触摸屏上操作。既使用方便，又避免误操作。