PCR实验室依据所使用的方法可分为试剂准备、标本制备、扩增、产物分析等三或四个区域。只是使用实时荧光PCR仪、HIV病菌载量测定仪的PCR实验室，有上述前面三个区域即可。各区域应独立分隔，不应有任何的空气直通。 PCR实验室对污染的预防与控制：
PCR实验室设计的核心问题是如何避免污染。在实际工作中，常见的有以下几种污染类型：扩增产物的污染；天然基因组DNA的污染；试剂的污染以及标本间的污染。由于一旦发生污染，实验就必须停止，直到找到污染源为止，而且实验结果必须作废，需重新进行实验。所以发生污染后再围绕实验室来寻找污染源不但耗时而且繁琐，浪费人力物力。因此要避免污染，首先应是预防，而不是排除。
PCR实验室功能区分为： 
1、普通实验区——法医物证常规检验室、法医物证存储室、受案室、检材室、骨骼提取实验室、数据比对分析室、紧急淋浴洗眼间、洁具间、洗衣间、测序仪专用UPS机房； 
2、特殊实验区 / 污染控制区——更鞋 / 缓冲走廊、更衣 / 缓冲间、现场物证DNA提取间（30-50㎡）、嫌犯血样DNA提取间(15-30㎡）、试剂混配间(15-30㎡）、PCR扩增间(15-30㎡）、扩增产物测序间(15-30㎡）；