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数字PCR是可以实现分子定量的仪器,和PCR技术、荧光定量PCR(qPCR)技术相比,具有定量优势,和高通量测序(NGS)相比,又具有较高的灵活性,兼具成本把控优势。JN Medsys的数字PCR(Clarity TM)是一种新型的数字PCR,可实现分子的定量。不同于微滴式数字PCR,该仪器采用了8联管管内芯片设计,分区更稳定,无需移液步骤,数据更准确。每个上样管内部的高密度芯片拥有10000个分区,拥有高灵敏。具有优势:8联管兼容市面上的普通PCR仪和试剂,降低实验成本;采用了封闭式系统,减小了污染;全自动分区,利用表面张力、虹吸原理上样,分区速度小于1分钟;分析速度在同类仪器中突出,96个反应时间仅为4小时。十分适合低丰度分子的高灵敏度、定量分析。
1.8联管管内芯片设计技术
检测时不依赖传统的Ct值即可实现真正意义上的定量,从而提供了比实时荧光定量PCR更精确的基因差异表达研究,尤其对于那些靶基因表达差异微小的情况,比如等位基因的不平衡表达以及单细胞基因表达分析等;
2. 其他基因组学及表观遗传学相关研究
①拷贝数变异(CNV)研究:
通过8连管内芯片上上万个分区对样本进行处理及后续扩增,摆脱Ct值的计算方法而直接获取目标基因的拷贝数,为拷贝数变异的研究提供了的检测精度。还可进行NGS文库定量,成本低、通量高。
②稀有突变检测:
对于稀有突变检测,定量PCR、及NGS等方法都因受到背景DNA的干扰,使得检测灵敏度及精确性都达不到精细定量的要求(如定量PCR检测中Ct值大于33的情况下,其重复性就不是很高), 而JNMedsys ClarityTM Digital PCR通过对样本的上万个分区处理,使得稀有突变从大量的背景DNA中分离出来,从而提高了检测的灵敏度及重复性。
3. 医学分子检测
①精准医疗(转化医学)的应用:
如肺癌等相关的EGFR、KARS、BRAF基因的SNP突变检测、乳腺癌的HER2基因检测等从而指导各种靶向药物的选择与用药方案的调整。
②疾病超早期分子检测:
随着研究的展开,很多实验室发现基于ddPCR对于诸如血液、痰液、尿液等体液样品中核酸水平的疾病相关标记分子(DNA、mtDNA、miRNA等)的检测,其发现疾病的时间远早于影像学或其他蛋白类标记物的相关检测,而且结果的灵敏度更高,稳定性更好,与传统的核酸检测方法相比,大大提前了疾病发现的窗口期,更好地实现对疾病的早发现,早治疗。
4 病原微生物的检测(病毒、细菌等)
疾病预防控制中心、系统的实验室目前主要采用基于TaqMan探针法的定量PCR体系对病原微生物进行核酸水平的检测,而这些目前正在使用着的检测体系可以无缝地转移到JNMedsys ClarityTM Digital PCR上,从而满足该类实验室对于检测结果的要求:灵敏度更高、重复性更好、无需依赖标准曲线的定量结果,同时操作简便。
5 转基因食品或成分的检测
目前在确定转基因作物或成分的含量时采取定量PCR的标准曲线法,这种方法需要依赖于已知浓度的标准品(Certified Reference Materials Calibrants, CRMCs)。JNMedsys ClarityTM Digital PCR定量的方式可以解决这些标准物质的定标工作。