动物房通风，对于空调设计需考虑较多的影响因素，如室内空气的洁净度级别、温湿度控制、压差、风速、设备的备用、噪音等等。尽可能做到人员流线与货物流线分开组织。进去扣均需严格分别流向，不能交叉，防止污染。
动物实验房需采用全新风空调通风系统。空气经过初效、中效和高效三级过滤，空调设备位于初效和中效过滤之间，由两套单元式机组组成，每套机组有两台压缩机。进风口位于天花板中央，每问室设四个长方形排风口，离地0.3 m。两套空调机组相互独立，当一台机组检修时，另一台机组可顶替使用，从而保证整个系统的正常运行。
对不同级别的实验动物在动物房实验室设计上和管理上则有不同的要求。无菌、已知菌以及无特殊病原体动物都需要在无菌或尽可能无菌的环境里饲养，这种环境，目前上通用称为屏障环境，即用一道屏障把动物与周围污染的环境隔开，就如胎鼠在母鼠子宫内一样。这种环境从控制微生物的角度分为隔离系统、屏障系统、半屏障系统、开放系统和层流架系统等五大类。
隔离系统
是在带有操作手套的容器中饲养动物的系统，用于饲养无菌动物和栖生动物。内部保持按微生物要求的100级的洁净度，但其设置的房间及操作人员不必按无菌室考虑。
屏障系统
把10000～100000级左右的无菌洁净室作为饲养室，主要用于无特殊病原体动物的*饲养和繁殖。入室施行严格管理，如淋浴、换贴身衣服等。
半屏障系统
放宽对屏障系统中人及物出入房间时的管理，平面组成大致与屏障系统相同。
层流架系统
笼具放在洁净的水平层流空气中。常用于小规模饲养，但在一般房间进行饲养、操作和处理时有被污染的危险性。可用于半屏障的补充。
开放系统
是对人、物、空气等进出房间均不施行消除污染的系统，但通常要进行某种程度的清洁管理。
