原水中微生物主要包括：细菌、藻类、真菌、病毒和其他高等生物。反渗透过程中，微生物伴随水中溶解性营养物质会在膜元件内不断浓缩和富集，从而导致反渗透膜表面受到污染，如表面结垢、膜面堵塞，或是由膜本身的物理化学变化而引起的：
1、物理变化主要是由于压实效应引起膜的透水率下降。
2、化学变化主要是由于pH的波动而引起的，如使醋酸纤维素膜水解、游离氯也会使芳香聚酰胺膜性能恶化。
反渗透膜污染堵塞的主要原因是由于膜面沉积和微生物的滋长而引起的。在出现以下情况下需要清洗膜元件：
1、标准化后盐的透过率增加5%。
2、标准化后透过液流量降低10%-15%。
3、进水和浓水的压差较基准状况上升了15%，各段压力差增加了15%。
4、作为日常维护，一般在正常运行3-6个月后。
5、在正常给水压力下，产水量较正常值下降10～15%。
6、给水压力增加10～15%。
7、系统各段之间压差明显增加。
保持稳定的运行参数主要是指产水流量、产水背压、回收率、温度及TDS。如果这些运行参数起伏不定，建议检查是否有污染发生，或者在关键运行参数有变化的前提下反渗透的实际运行是否正常。
定时监测系统整体性能是确认膜元件是否已发生污染的基本方法。污染对膜元件的影响是渐进的，并且影响的程度取决于污染的性质。已受污染的反渗透膜的清洗周期根据现场实际情况而定。正常的清洗周期是每3-12个月一次。具体处理的方法如下:
定期用0.1%甲醛溶液或用质量浓度为100 mg/L的消毒液循环清洗处理至少1 h。已经污染的膜要用2%柠檬酸铵溶液(pH为4～8)进行清洗，或用亚硫酸氢钠、六偏磷酸钠、稀盐酸等来防止锰、铁及碳酸盐的结垢。有时也用酶洗涤剂对有机物进行清洗。清洗压力控制在0.34～0.98 MPa，清洗流速为原来水处理流速的2～3倍。
清洗何种污染物以及如何清洗要根据现场污染情况而进行。对于几种污染同时存在的复杂情况，应采用低pH和高pH清洗液交替清洗的方法(应先低pH后高pH值清洗)。
